| 平成 5年 10月 | 比嘉照夫教授「地球を救う大変革」出版 |
| 平成 6年 8月 | 有限会社イーエム研究機構設立 |
| 平成 6年 11月 | 株式会社イーエム研究機構(組織変更) |
| 平成 6年 12月 | 比嘉照夫教授とEM普及に関する業務委託契約締結 |
| 平成 7年 8月 | EMボカシネットワークの発足 |
| 平成 9年 1月 | EMが「現代用語の基礎知識」に「最新キーワード」として取り上げられる |
| 平成 9年 11月 | 有用微生物応用研究発表大会が「EMフェスタ」として初開催 |
| 平成 10年 1月 | NPO法人 地球環境共生ネットワーク (U-NET) 発足 |
| 平成 10年 6月 | EM女性会議第1回フォーラムin関東 (東京の所沢) 開催 |
| 平成 10年 4月 | ラジオ沖縄「EMオアシス」番組スタート |
| 平成 11年 11月 | コスタリカアース大学へ技術者派遣 |
| 平成 12年 | EMの開発から20年を迎える |
| 平成 12年 1月 | 具志川市において「EMサミット2000」開催 |
| 平成 12年 7月 | 主要国首脳会議(九州沖縄サミット)プレス向け沖縄紹介VTRにて、「沖縄の最新技術」としてEM技術が紹介される |
| 平成 12年 7月 | 普及用パンフレットとして「EMリーフレット」発行 |
| 平成 12年 11月 | ラオス ヴィエンチャン首都農業部 業務提携 |
| 平成 13年 1月 | 南アフリカ共和国 EMROSA社 ノウハウ契約 |
| 平成 13年 2月 | コロンビア共和国 フンダセス財団 ノウハウ契約 |
| 平成 13年 3月 | 有明海近海の浄化活動「EMじゃぶじゃぶプロジェクト」スタート |
| 平成 13年 4月 | ネパール EMコーポレーション社 ノウハウ契約 |
| 平成 13年 6月 | インドネシア インドネシア救世自然農法協会業務提携 |
| 平成 13年 8月 | 小中学生を対象としたEM小冊子「小さな生き物たちの大きなちから」発行 |
| 平成 13年 12月 | スリランカ NGOサルボダヤ ノウハウ契約 |
| 平成 13年 12月 | ロシア EMセンター業務提携 |
| 平成 14年 1月 | エクアドル アース大学卒業生会 業務提携 |
| 平成 14年 2月 | インドネシア インドネシア自然農法協会 ノウハウ契約 |
| 平成 14年 2月 | インド メイプルオーガテック社 業務提携 |
| 平成 14年 11月 | 「株式会社EM研究機構」に社名変更 |
| 平成 15年 1月 | EMWEC (EMウェルネスセンター) プロジェクトスタート |
| 平成 15年 2月 | 韓国全州大学へ技術者派遣 |
| 平成 15年 3月 | 株式会社オオバと資本・業務提携 |
| 平成 15年 6月 | 沖縄産学官共同研究推進事業「廃ガラス多孔質発泡資材による簡易水処理システムの開発」プロジェクトスタート |
| 平成 15年 10月 | 沖縄県名護市名桜大学において当社社員が講師となりEM特別講座が開講 |
| 平成 16年 2月 | シャボン玉石けん株式会社とEM石けん製造ノウハウ契約 |
| 平成 17年 9月 | EMウェルネスセンター&ホテルコスタビスタ沖縄オープン |
| 平成 18年 4月 | EMウェルネスセンター&ホテルコスタビスタ沖縄及びEMスパ コラソンがグランドオープン |
| 平成 19年 4月 | 名桜大学に国際EM研究所を設立 |
| 平成 19年 12月 | EM・X GOLD製造開始 |
| 平成 21年 5月 | 本社 うるま市より北中城村へ移転 |
| 平成 21年 11月 | ISO22000:2005審査登録(製造部) |
| 平成 22年 5月 | EM1、2、3自社製造開始 |
| 平成 23年 3月 | EM農場プロジェクト開始 |